Cada vez hay más pruebas de que el desarrollo del sistema inmune fetal está controlado activa y pasivamente por la inmunidad materna, y que las consecuencias de esta interacción tienen un fuerte impacto en la inmunidad y los trastornos inmunes más adelante en la vida, como el desarrollo de alergias.
En los últimos años, la idea de un útero estéril ha sido revocada por estudios independientes basados ​​en cultivos que identifican la presencia de bacterias en las placentas, membranas fetales y sangre del cordón umbilical.
Se encontró ADN de Bifidobacterium y Lactobacillus rhamnosus, dos comensales encontrados en el intestino adulto, en muestras de placenta. Se propone que la transferencia horizontal de ADN bacteriano de la madre al feto ocurre a través del torrente sanguíneo de la placenta.
En los mamíferos, los lactantes reciben un inóculo bacteriano diferente dependiendo de su modo de parto que determina la colonización microbiana intestinal diferencial del lactante. Los niños que nacen por vía vaginal adquieren comunidades bacterianas presentes en la microbiota vaginal de su propia madre ( Lactobacillus, Prevotella o Sneathia spp .). En contraste, los bebés de cesárea, albergan comunidades bacterianas como las que se encuentran en la piel de la madre y las superficies ambientales ( Staphylococcus, Corynebacterium y Propionibacterium spp .). En un entorno experimental, se demostró que el modo de parto regula el sistema inmune desde el principio.
Mientras el bebé crece, la dieta tiene una gran influencia en la composición de la microbiota. Los niños que reciben fórmula o leche materna recibirán distintos nutrientes, componentes microbianos e inmunes. La leche materna es importante para las defensas inmunes del lactante, ya que contiene IgA, lactoferrina y defensinas, protege contra las infecciones y contribuye a la maduración del sistema inmunitario en los primeros días de vida.
Es importante destacar que, contrariamente a la creencia común, la leche humana no es estéril, contiene bacterias comensales, mutualistas y / o potencialmente probióticas para la descendencia. La composición de las bacterias que se encuentran en la leche materna puede variar con la geografía y la dieta materna.

Conclusiones: la flora intestinal estará determinada por innumerables factores: transmisión materna, tipo de parto, alimentación precoz, etc…
El tipo de flora adquirida determinará en un futuro la respuesta correcta o incorrecta y el desarrollo de enfermedades alérgicas o inmunitarías.